近年来，国家和地方政府虽然加大了对石漠化的治理力度，但一些地区的石漠化仍存在扩大趋势，并伴有潜在石漠化问题，治理工程量大、任务重，治理效果不理想，不少地方陷入举步维艰的境地。
长期研究西南喀斯特地区石漠化问题的中国科学院地球化学研究所副所长王世杰说，贵州人均耕地占有量比全国低37%，土地资源短缺并以坡耕地为主，而70%以上的石漠化发生在坡耕地，“先天不足”加之自然灾害频发，直接导致水土流失严重，石漠化面积扩大。
在贵州黔西南州兴义市敬南镇皮山村，村支书张达才对不断扩大的石头山十分忧虑。
他说：“过去山上遍山都是林子，山清水秀，但是村民要做饭用材，经常上山砍树，后来变成了荒山，眼见着石头一年比一年多。”张达才告诉《经济参考报》记者，全村耕地3124亩，其中25度坡耕地占一半以上，村民们在石缝间种点玉米、小麦，收成很低，由于不合理耕种，仅有的土地也在加速石漠化，可种的耕地越来越少。
贵州省发改委统计显示，自实施石漠化综合治理试点工程以来，贵州省岩溶地区石漠化扩展的速度有所减缓，但石漠化增加的趋势尚未得到根本扭转，仍以每年1%的速度扩展，已经治理的石漠化有的仅表现为等级的降低，不是完全意义上的治理。
同样，云南省石漠化防治形势也不容乐观。以位于滇东南部的文山壮族苗族自治州为例，全州国土面积31456平方公里，其中山区、半山区占97%，岩溶地区占53.4%，石漠化面积占岩溶面积的60.4%。州发改委相关负责人表示，自上世纪六十年代至八十年代，由于过度伐薪烧炭和毁林开荒，导致全州森林面积锐减，生态环境持续恶化，水土流失加剧，石漠化程度深重。虽然近几年国家和地方政府投入大量的人力、物力、财力进行了治理，但难以从根本上得到治理，石漠化面积仍有扩大趋势。
基层干部群众反映，近年来，国家及地方政府对石漠化问题高度重视，加大了对石漠化的治理力度，但由于许多地方没有科学统一规划，不因地制宜，治理模式较为单一，部门之间没有形成合力，资金投入往往是“撒胡椒面式”，投入虽大，但效果不明显。
贵州省晴隆县属于典型的喀斯特地区，最高海拔2025米，最低海拔543米，75%的耕地呈条状性小块坡地。晴隆县林业局银林生产站站长钟林晨说，全县实施退耕还林6万亩，生态林占九成以上，但因为土层薄，基本都是岩石，树木存活率低，如三宝彝族乡从2003年开始种了700亩杉木，基本上年年补种年年死，老百姓又要补助款，已经补种了七、八年。
记者采访的贵州、云南、重庆等省(直辖市)的石漠化片区县，都是国家级贫困县，财政捉襟见肘，石漠化治理经费基本靠上级转移支付，县级难以配套。许多地方石漠化前期的治理项目资金主要来自国家各有关部门，有农业的、林业的、国土的……渠道多、数额有限、不易整合，实施效果各异。2008年以后，国家在石漠化治理上加大了投入，以小流域治理为主，但石漠化山区的地质状况复杂，资金“撒胡椒面式”落到每个小流域后多是种树，难以从根本上解决问题。
石漠化地区领导干部、群众以及部分专家普遍认为，目前要完成石漠化治理目标，把治理与解决农民长远生计相结合，促进农民增收致富，还面临着诸多难题：
一是基础脆弱，欠账较多。
二是治理任务艰巨，投入严重不足。黔西南州扶贫办副主任钟文勇说，黔西南是贵州省石漠化分布最集中、面积最大、程度最高的地区，生态恢复难度大，每20万元治理1平方公里的岩溶面积投入过少，加上地方财困民穷，石漠化治理捉襟见肘。
三是石漠化监测水平偏低，科技支撑体系弱。
四是建后管护滞后。一些石漠化治理项目，建设时主要是政府行为，但建后管理跟不上，如沟渠、农耕路、人造林等，影响了治理效益发挥。
此外，一些地方的石漠化治理区域规划存在“盲区”。云南省文山市副市长谭家文说，文山市作为州府所在地，是全国石漠化综合治理重点市，却未被国家纳入石漠化片区治理的统一规划。
